В MySQL 8.0.17 было внесено улучшение оптимизатора запросов, которое позволяет ускорить выполнение запросов с NOT EXISTS. Пример показывает, что время выполнения запроса сократилось с 1 минуты до 1.02 секунды. Обновление MySQL до новой версии может значительно повысить производительность запросов.